GPU加速的主流MD程序计算性能

	GPU加速的主流MD程序计算性能
	陶晓芳; 李晓霞
	2014
会议名称	中国化学会第29届学术年会
会议日期	2014-08-04
会议地点	中国北京
关键词	GPU MD
中文摘要	GPU通用计算的出现为MD模拟计算性能的提升带来了一场技术革新。本文对支持MD模拟GPU加速的软件的计算性能进行了系统测试。以标准算例DHFR为测试基准,本文比较了三个典型MD软件在单GPU卡上的计算性能,其中,静电力计算采用PME算法,测试所用的软硬件平台和计算结果如图1所示。从图1中可看出,不管是每1000步计算一次能量还是每步均计算能量,MD模拟GPU加速后的性能均优于GROMACS 8核CPU的计算性能。由于在不计算能量时,部分计算逻辑采用了代价小的计算近似来提升性能,GROMACS和ACEMD在enerFreq=1和enerFreq=1000两种情况下的GPU加速性能差别较大。本文还...
会议主办者	中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室;
会议录	中国化学会第29届学术年会摘要集——第19分会：化学信息学与化学计量学
内容类型	会议论文
源URL	[http://ir.ipe.ac.cn/handle/122111/15468]
专题	过程工程研究所_研究所（批量导入）
推荐引用方式 GB/T 7714	陶晓芳,李晓霞. GPU加速的主流MD程序计算性能[C]. 见:中国化学会第29届学术年会. 中国北京. 2014-08-04.