GPU加速的主流MD程序计算性能 | |
陶晓芳; 李晓霞 | |
2014 | |
会议名称 | 中国化学会第29届学术年会 |
会议日期 | 2014-08-04 |
会议地点 | 中国北京 |
关键词 | GPU MD |
中文摘要 | GPU通用计算的出现为MD模拟计算性能的提升带来了一场技术革新。本文对支持MD模拟GPU加速的软件的计算性能进行了系统测试。以标准算例DHFR为测试基准,本文比较了三个典型MD软件在单GPU卡上的计算性能,其中,静电力计算采用PME算法,测试所用的软硬件平台和计算结果如图1所示。从图1中可看出,不管是每1000步计算一次能量还是每步均计算能量,MD模拟GPU加速后的性能均优于GROMACS 8核CPU的计算性能。由于在不计算能量时,部分计算逻辑采用了代价小的计算近似来提升性能,GROMACS和ACEMD在enerFreq=1和enerFreq=1000两种情况下的GPU加速性能差别较大。本文还... |
会议主办者 | 中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室; |
会议录 | 中国化学会第29届学术年会摘要集——第19分会:化学信息学与化学计量学
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内容类型 | 会议论文 |
源URL | [http://ir.ipe.ac.cn/handle/122111/15468] ![]() |
专题 | 过程工程研究所_研究所(批量导入) |
推荐引用方式 GB/T 7714 | 陶晓芳,李晓霞. GPU加速的主流MD程序计算性能[C]. 见:中国化学会第29届学术年会. 中国北京. 2014-08-04. |
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