基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法; 基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法 | |
李国辉 ; 张鼎林 | |
2014 | |
专利国别 | CN |
专利号 | CN201210563431.X |
专利类型 | 发明 |
权利人 | 中国科学院大连化学物理研究所 |
中文摘要 | 本发明涉及基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法,包括以下步骤:通过蛋白质设计模板得到若干个蛋白质;对每一个蛋白质进行如下优化:在4n维空间中连续移动的每一个粒子的子向量在rotamerlib中寻找最近的rotamer;然后用这些找到的rotamer构造一个临时的粒子;计算每个临时粒子的适应度,并根据这些临时粒子的适应度更新局部最优粒子以及邻居最优粒子;并更新所有非临时粒子位置速度;通过比较所有邻居最优粒子的位置得到全局最优位置;用粒子群进行侧链构象组合空间搜索得到优化后的蛋白质。本发明使用了pso处理离散问题,利用了pso高效性,采用可极化力场作为评价的基础;并可以在理论上对蛋白质进行改造进行预测,在理论上进行筛选。 |
是否PCT专利 | 否 |
公开日期 | 2014-06-25 |
申请日期 | 2012-12-21 |
语种 | 中文 |
专利申请号 | CN201210563431.X |
内容类型 | 专利 |
源URL | [http://159.226.238.44/handle/321008/120397] |
专题 | 大连化学物理研究所_中国科学院大连化学物理研究所 |
推荐引用方式 GB/T 7714 | 李国辉,张鼎林. 基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法, 基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法. CN201210563431.X. 2014-01-01. |
个性服务 |
查看访问统计 |
相关权益政策 |
暂无数据 |
收藏/分享 |
除非特别说明,本系统中所有内容都受版权保护,并保留所有权利。
修改评论