分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探 | |
严历; 郭力; 李晓霞 | |
刊名 | 计算机与应用化学
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2010 | |
期号 | 12页码:1603-1606 |
关键词 | 分子动力学 GROMACS GPGPU CUDA |
中文摘要 | GROMACS是著名分子动力学模拟软件之一,GPGPU技术能够使用图形处理器完成通用计算,是高性能计算的最新发展趋势。本文通过对Nvidia CUDA GPGPU编程模式以及GROMACS代码的研究分析,论证了将GROMACS移植到以GPGPU为计算核心的平台上的可行性,并通过算法和参数数据组织形式的改造实现了GROMACS中非键力计算函数从x86处理器向GPGPU的移植,获得显著的性能提升,计算加速比达到10倍以上,为GROMACS整体移植的实现奠定了基础。 |
收录类别 | CSCD |
CSCD记录号 | CSCD:4082604 |
公开日期 | 2014-08-27 |
内容类型 | 期刊论文 |
源URL | [http://ir.ipe.ac.cn/handle/122111/10616] ![]() |
专题 | 过程工程研究所_研究所(批量导入) |
推荐引用方式 GB/T 7714 | 严历,郭力,李晓霞. 分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探[J]. 计算机与应用化学,2010(12):1603-1606. |
APA | 严历,郭力,&李晓霞.(2010).分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探.计算机与应用化学(12),1603-1606. |
MLA | 严历,et al."分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探".计算机与应用化学 .12(2010):1603-1606. |
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