分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探

	分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探
	严历; 郭力; 李晓霞
刊名	计算机与应用化学
	2010
期号	12 页码:1603-1606
关键词	分子动力学 GROMACS GPGPU CUDA
中文摘要	GROMACS是著名分子动力学模拟软件之一,GPGPU技术能够使用图形处理器完成通用计算,是高性能计算的最新发展趋势。本文通过对Nvidia CUDA GPGPU编程模式以及GROMACS代码的研究分析,论证了将GROMACS移植到以GPGPU为计算核心的平台上的可行性,并通过算法和参数数据组织形式的改造实现了GROMACS中非键力计算函数从x86处理器向GPGPU的移植,获得显著的性能提升,计算加速比达到10倍以上,为GROMACS整体移植的实现奠定了基础。
收录类别	CSCD
CSCD记录号	CSCD:4082604
公开日期	2014-08-27
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.ipe.ac.cn/handle/122111/10616]
专题	过程工程研究所_研究所（批量导入）
推荐引用方式 GB/T 7714	严历,郭力,李晓霞. 分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探[J]. 计算机与应用化学,2010(12):1603-1606.
APA	严历,郭力,&李晓霞.(2010).分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探.计算机与应用化学(12),1603-1606.
MLA	严历,et al."分子动力学模拟软件GROMACS向GPGPU移植初探".计算机与应用化学 .12(2010):1603-1606.