TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较

	TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较
	刘菲; 袁锐; 陈世龙; 王永翠
刊名	中国免疫学杂志
	2022
卷号	38 期号:18 页码:2252-2258
关键词	消化系统癌症 TCGA数据库癌症驱动基因差异表达基因差异甲基化基因
英文摘要	目的：探索4种消化系统癌症（DSCs）分子特征的异同及分子特征同临床基本特征的关系。方法：基于生物信息学方法从TCGA数据库中获取食管癌（ESCA）、胃癌（STAD）、直肠癌（READ）、结肠癌（COAD）4种DSCs的分子特征，包括基因突变、拷贝数变异、基因表达以及甲基化，结合MIF算法、差异分析筛选出癌症驱动基因、差异甲基化基因（DMGs）以及差异表达基因（DEGs），并利用富集分析、生存分析、相关性分析比较4种癌症类型中分子特征的异同，进一步探索分子特征同临床基本特征的关系。结果：4种癌症类型具有相似的分子特征，包括：突变频率与基因表达、甲基化水平相关性很低，线性关系均不明显；MaxMIF软件获得的30个癌症驱动基因中均仅有少数几个基因具有预后效果，包括ESCA 2个、STAD 2个、READ 1个、COAD 1个；拷贝数变化数据在癌症组织样本和正常组织样本中的分布并不均匀；DEGs中仅有少部分基因具有预后效果，包括食管癌（29/829）、胃癌（0/394）、直肠癌（71/606）、结肠癌（50/591），并且KEGG通路均富集于“神经活性的配体-受体相互作用”。另外，4种癌症类型之间具有不同的癌症驱动基因、具有预后效果的DEGs，以及DMGs。结论：经分析得到4种DSCs分子特征的异同点有助于了解整个DSCs，并有望为深入理解DSCs的分子特征及相应的分子靶向治疗方案的设计提供有效的依据。
内容类型	期刊论文
源URL	[http://210.75.249.4/handle/363003/61421]
专题	西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	刘菲,袁锐,陈世龙,等. TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较[J]. 中国免疫学杂志,2022,38(18):2252-2258.
APA	刘菲,袁锐,陈世龙,&王永翠.(2022).TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较.中国免疫学杂志,38(18),2252-2258.
MLA	刘菲,et al."TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较".中国免疫学杂志 38.18(2022):2252-2258.