用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列(英文)

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	用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列(英文)
	秦磊 ; 熊斌 ; 罗成1 ; 郭宗明 ; 郝沛 ; 苏炅 ; 南蓬 ; 冯颖 2; 石忆湘 ; 俞晓晶
刊名	Acta Pharmacologica Sinica
	2003-06-30
期号	06 页码:9
关键词	非典型肺炎(SARS) 包装信号茎-环结构 N蛋白 M蛋白反义核酸干扰核酸
文献子类	Article
英文摘要	目的:通过生物信息学的手段,预测SARS病毒的基因组包装信号序列,为反义核酸和干扰核酸药物的设计提供有效的靶序列。方法:结合已报道的有关MHV和BCoV的基因组包装信号的一级结构和二级结构特点等信息,把SARS病毒的基因组和MHV,BCoV,PEDV,HCoV的基因组序列进行多序列比对;使用RNA二级结构预测软件对它们的RNA二级结构进行了预测和比较。在此基础上,根据冠状病毒识别基因组包装信号的机理,对来自这五种病毒的N蛋白、M蛋白序列也进行了多序列比对,探讨基因组包装信号与这两个蛋白质的进化关系。结果:SARS病毒的基因组包装信号位于接近ORFlb的3’端的位置,和MHV、BCoV的基因组包装序列一起位于ORFlb基因的核酸序列高突变区,但是其RNA二级结构与MHV、BCoV的基因组包装信号的二级结构很相似。对PEDV和HCoV的基因组包装信号序列的预测获得了类似的结果,而且三者的包装信号序列的位置在多序列比对的结果中互相重叠。突变频率的分析表明,基因组包装信号序列的突变频率高于N蛋白,而N蛋白高于M蛋白。结论:SARS病毒的基因组包装信号序列靠近ORFlb基因的3’端,其二级结构与MHV、BCoV的包装信号相似。基因组包装信号所在的基因组序列具有很高的突变性,这对与之相互作用的N蛋白和M蛋白也产生了影响。
语种	英语
内容类型	期刊论文
源URL	[http://119.78.100.183/handle/2S10ELR8/270220]
专题	药物发现与设计中心药理学第三研究室药理学第一研究室
作者单位	1.中国科学院上海药物研究所,药物发现与设计中心,上海 201203, 中国.; 2.中国科学院上海药物研究所,药理学第一研究室,上海 201203, 中国.
推荐引用方式 GB/T 7714	秦磊,熊斌,罗成,等. 用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列(英文)[J]. Acta Pharmacologica Sinica,2003(06):9.
APA	秦磊.,熊斌.,罗成.,郭宗明.,郝沛.,...&李亦学.(2003).用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列(英文).Acta Pharmacologica Sinica(06),9.
MLA	秦磊,et al."用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列(英文)".Acta Pharmacologica Sinica .06(2003):9.