Brd2属于BET家族，通过Bromodomain与H4K12ac结合，继而招募RNApolⅡ，导致下游基因被激活。Brd2是否是I型干扰素反应所必需的还没有确定。我们发现HSV-1感染，LPS和Poly(I:C)刺激细胞后，Brd2的表达水平增加。进一步证明NF-kB和Stat1可以结合Brd2并激活Brd2的表达。而且，在Ifnar1缺失的细胞中，Brd2的表达水平显著减少。结合RNA-seq和ChIP-seq，我们证明Brd2可以直接调控抗病毒基因的表达。与野生型细胞相比较，在Brd2缺失的细胞中VSV病毒滴度和转录水平都是显著增加的。总之，我们的结果揭示，Brd2激活抗病毒基因的表达，并且抑制病毒感染。长链非编码RNA最重要的功能之一是通过顺式和反式机制控制编码蛋白基因的表达。通过分析HSV-1感染诱导的差异表达的长链非编码RNA和预测其功能。我们检测到208个已知的长链非编码RNA和206新的长链非编码RNA。GO和Pathway富集分析揭示潜在的长链非编码RNA的靶基因，包括一些基因参与染色质组装，神经元发育和神经退行性疾病以及免疫反应，比如Toll样受体信号和RIG-I样受体信号。我们发现差异表达的长链非编码RNA参与信号通路从先天免疫反应到神经发育，因此揭示在HSV-1感染中长链非编码RNA调控宿主转录程序的重要作用。寨卡病毒由蚊虫介导的黄病毒，可以引起被感染者小耳畸形和格林-巴利综合征。寨卡病毒感染导致149个差异表达的长链非编码RNA，包括潜在的调控细胞过程的病毒靶基因，比如细胞周期，细胞凋亡和免疫反应。ZIKV感染造成229个基因发生262个可变剪接，这些可变剪接基因主要富集在细胞凋亡，RNA加工，转运和神经元发育过程。在691个差异表达的异构体中，上调的异构体富集在转录调控和氨基酸的生物合成，而下调的异构体富集在细胞周期。这些分析揭示了寨卡病毒诱导的细胞信号通路的变化与宿主转录组变化的特异联系，暗示重要的调控机制。我们的分析揭示了候选的长链非编码RNA，可变剪接和异构体，其有可能在寨卡病毒感染偶倒细胞周期紊乱，细胞凋亡和神经发生的削弱过程中发挥重要的作用。