DNA计算中核酸序列设计方法比较研究

doi:10.3321/j.issn:0254-4164.2008.12.011

CORC > 北京大学 > 信息科学技术学院

	DNA计算中核酸序列设计方法比较研究; Research on Nucleic Acid Sequence Design Methods for DNA Computing
	张凯 ; 耿修堂 ; 肖建华 ; 赵东明
刊名	计算机学报
	2008
关键词	DNA计算自由能汉明距离 DNA序列设计 DNA computing free energy Hamming distance DNA sequence design
DOI	10.3321/j.issn:0254-4164.2008.12.011
英文摘要	DNA计算是将现实问题进行编码,映射到DNA分子上,然后通过分子生物实验产生出代表问题解的DNA分子.最后通过检测技术提取出该DNA分子.高质量的DNA编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误,并使检测阶段易于提取出代表问题解的DNA分子.文中对基于汉明距离和基于自由能的DNA核酸编码方法进行研究,分析了两类方法的约束条件对DNA编码质量的影响,比较了两类方法排除非特异性杂交的完备性和计算量,进一步分析了两类方法编码DNA序列的效率.通过分析和比较得到,两类DNA计算编码方法都能有效地限制DNA分子间的非特异性杂交,其中基于汉明距离的DNA编码方法的计算量比较小,但是它仅能近似地估计DNA分子间杂交的热力学稳定性,不能完全替代最小自由能的编码方法.在满足DNA计算试验精度要求的条件下,采用基于汉明距离的DNA编码设计方法不仅能有效地的挑选出特异性杂交和非特异性杂交的DNA序列,还能有效地减少计算量,从而提高DNA序列设计的效率.; 国家自然科学基金; 国家高技术研究发展计划(863计划); 高等学校博士学科点专项科研项目; 中国博士后科学基金; 中文核心期刊要目总览(PKU); 中国科技核心期刊(ISTIC); 中国科学引文数据库(CSCD); 0; 12; 2149-2154; 31
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.pku.edu.cn/handle/20.500.11897/229521]
专题	信息科学技术学院
推荐引用方式 GB/T 7714	张凯,耿修堂,肖建华,等. DNA计算中核酸序列设计方法比较研究, Research on Nucleic Acid Sequence Design Methods for DNA Computing[J]. 计算机学报,2008.
APA	张凯,耿修堂,肖建华,&赵东明.(2008).DNA计算中核酸序列设计方法比较研究.计算机学报.
MLA	张凯,et al."DNA计算中核酸序列设计方法比较研究".计算机学报 (2008).