一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法

	一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法
	赵磊; 李洪涛; 李德铢
	2018-10-09
著作权人	中国科学院昆明植物研究所
英文摘要	本发明是基于二代测序数据(如：Illumina平台)对植物叶绿体全基因组数据进行组装并构建成环的一种方法。本发明所提供的方法首先运用了数据过滤软件Trimmomatic、组装软件SPAdes和MASHMAP软件，然后利用ChloroplastCircle工具包，并结合Perl脚本语言编程实现整个植物叶绿体全基因组组装、成环的数据流过程。通过大量实验证明，本发明所提供的方法能够快速的、准确的、批量的、自动的完成植物叶绿体全基因组的组装和成环。目前，本发明在10，000个植物叶绿体全基因组项目中已经实施，取得了良好的效果。
公开日期	2019-03-01
内容类型	专利
源URL	[http://ir.kib.ac.cn/handle/151853/67760]
专题	昆明植物研究所_中国西南野生生物种质资源库
作者单位	中国科学院昆明植物研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	赵磊,李洪涛,李德铢. 一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法. 2018-10-09.