一种基于大规模基因树的物种树构建方法

	一种基于大规模基因树的物种树构建方法
	赵磊; 李洪涛; 李德铢
	2018-10-09
著作权人	中国科学院昆明植物研究所
英文摘要	本发明提供一种批量搜索大规模单或者低拷贝直系同源基因簇(orthologous gene clusters)，并利用大规模基因树(gene trees)构建物种树(species trees)的方法。该方法综合运用了基于HMM的搜索直系同源基因的HAMSTR程序，基于多序列比对分析MAFFT程序和自动提取精确比对区域的TRIMAL程序，以及构建物种树RAxML，ASTRAL‑II和MP‑EST程序，并结合Perl脚本语言编程等方法实现整个数据流过程。实验证明，本发明所提供的批量搜索大规模单或者低拷贝直系同源基因簇，并利用大规模基因树构建物种树的方法与系统，精确度高，速度快，实现了批量化、自动化。
公开日期	2019-03-01
内容类型	专利
源URL	[http://ir.kib.ac.cn/handle/151853/67759]
专题	昆明植物研究所_中国西南野生生物种质资源库
作者单位	中国科学院昆明植物研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	赵磊,李洪涛,李德铢. 一种基于大规模基因树的物种树构建方法. 2018-10-09.