基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发

	基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发
	邢睿 ; 高庆波 ; 张发起 ; 李印虎 ; 付鹏程 ; 张金华 ; 王久利 ; 陈世龙
刊名	微生物学报 ; 邢睿;高庆波;张发起;李印虎;付鹏程;张金华;王久利;陈世龙;.基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发,微生物学报,2014,(9):1045-1052
	2014
英文摘要	【目的】本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物。【方法】利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物。【结果】共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp。对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp)。在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物。利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象。【结论】首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础。
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.nwipb.ac.cn/handle/363003/4090]
专题	西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	邢睿,高庆波,张发起,等. 基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发[J]. 微生物学报, 邢睿;高庆波;张发起;李印虎;付鹏程;张金华;王久利;陈世龙;.基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发,微生物学报,2014,(9):1045-1052,2014.
APA	邢睿.,高庆波.,张发起.,李印虎.,付鹏程.,...&陈世龙.(2014).基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发.微生物学报.
MLA	邢睿,et al."基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发".微生物学报 (2014).