基于HMM的齿肋赤藓VOZ转录因子的预测与分析/Identification and characterization of a VOZ transcription factor in Syntrichia caninervis using profile HMM method[J]

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	基于HMM的齿肋赤藓VOZ转录因子的预测与分析/Identification and characterization of a VOZ transcription factor in Syntrichia caninervis using profile HMM method[J]
	高贝; 李小双; 张道远; GAO Bei; LI Xiaoshuang; ZHANG Daoyuan; 中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室,中国科学院新疆生态与地理研究所,乌鲁木齐830011; 中国科学院大学,北京100049
刊名	生物信息学
	2014
卷号	2 页码:77-83
关键词	齿肋赤藓 Voz转录因子隐马模型生物信息学 Syntrichia Caninervis Voz Transcription Factor Hmm Bioinformatics
英文摘要	VOZ（ Vascular plant One Zinc finger protein）作为与植物的进化与发育密切相关的基因，在极端耐旱荒漠苔藓植物齿肋赤藓（ Syntrichia caninervis）中对VOZ基因进行挖掘和分析有利于更好的揭示VOZ基因的进化关系，且可作为抗逆基因进行更为深入的分子生物学研究。在VOZ转录因子蛋白中VOZ-domain是一个保守的DNA结合结构功能域，利用VOZ-domain多序列联配构建隐马尔可夫模型序列谱能够很好的进行家族成员的识别和预测。利用拟南芥、小立碗藓和水稻等植物已知的转录因子序列信息构建HMM序列谱模型，对荒漠苔藓齿肋赤藓转录组进行比对搜索。最终得到一条新的齿肋赤藓VOZ转录因子ScVOZ1（ NCBI／EBI检索号：HG764415），序列长度为1495 bp，具有完整的VOZ-domain结构域。生物信息学分析表明其具有转录调控功能和核定位潜能。多序列比对、进化和保守基序分析表明，ScVOZ1蛋白序列与小立碗藓VOZ家族和拟南芥AtVOZ1相似度较高。本研究为进一步研究ScVOZ1基因的功能以及其进化起源奠定了基础。
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语种	中文
资助机构	国家“973”项目(2014CB954203) ; 国家“973”项目(2014CB954203) ; 国家自然基金项目(U1170304)资助。 ; 国家自然基金项目(U1170304)资助。 ; 国家“973”项目(2014CB954203) ; 国家“973”项目(2014CB954203) ; 国家自然基金项目(U1170304)资助。 ; 国家自然基金项目(U1170304)资助。
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.xjlas.org/handle/365004/14188]
专题	新疆生态与地理研究所_研究系统_荒漠环境研究室
通讯作者	中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室,中国科学院新疆生态与地理研究所,乌鲁木齐830011; 中国科学院大学,北京100049
推荐引用方式 GB/T 7714	高贝,李小双,张道远,等. 基于HMM的齿肋赤藓VOZ转录因子的预测与分析/Identification and characterization of a VOZ transcription factor in Syntrichia caninervis using profile HMM method[J][J]. 生物信息学,2014,2:77-83.
APA	高贝.,李小双.,张道远.,GAO Bei.,LI Xiaoshuang.,...&中国科学院大学,北京100049.(2014).基于HMM的齿肋赤藓VOZ转录因子的预测与分析/Identification and characterization of a VOZ transcription factor in Syntrichia caninervis using profile HMM method[J].生物信息学,2,77-83.
MLA	高贝,et al."基于HMM的齿肋赤藓VOZ转录因子的预测与分析/Identification and characterization of a VOZ transcription factor in Syntrichia caninervis using profile HMM method[J]".生物信息学 2(2014):77-83.