本发明涉及一种用于水体污染物检测的流动注射显微拉曼光谱装置及检测方法，属于水环境污染监测技术领域。该装置包括进样模块，电源模块，光学采集模块，检测分析模块，结果显示输出模块、定位及无线通信模块；电源模块为整个检测装置提供电能，并进行电源管理；进样模块通过微泵及过滤装置将待测水样输送至微流控芯片中，同时通过调整位移调节台的位置实现微流控芯片与显微拉曼模块间的精确定位与调焦；光学采集模块收集待测水样的拉曼散射信号并经过光电转换后送入检测分析模块，测试水样中污染物的成分及含量；检测结果在显示终端输出显示，并通过定位及无线通信模块将待测水样点的位置及水质污染情况传输至上级监控中心，实现远程实时监控。本发明结构紧凑、操作方便、测试准确、可用于河流、湖泊、城市污水等水质快速在线检测。