褐飞虱EST资源的微卫星信息分析

	褐飞虱EST资源的微卫星信息分析
	刘玉娣; 侯茂林
刊名	昆虫学报
	2010
卷号	53 期号:3 页码:239-247
关键词	褐飞虱生物信息学表达序列标签 EST-SSRs 查找标准重复基元
ISSN号	0454-6296
其他题名	Analysis of microsatellite information in EST resource of Nilaparvata lugens (Homoptera: Delphacidae)
英文摘要	表达序列标签(expressed sequence tags, ESTs)是开发微卫星标记的一个重要的资源. 褐飞虱Nilaparvata lugens (St°al) EST序列的公布为开发EST-SSRs提供了宝贵的数据资源,本研究利用生物信息学对NCBI公共数据库中的 37 398条褐飞虱ESTs序列进行EST-SSRs特征分析,得到全长为7 619.324 kb的无冗余EST 9 852条. 按照3个不同的查找标准在这些序列中搜索SSR. 查找结果显示:褐飞虱EST-SSRs主要重复基元以1~3碱基为主,占总EST-SSR的95%以上. 在单碱基重复基元中, A/T是占优势的重复基元,在二相重复类型中, AG/CT重复基元出现的频率最多,而AAG/CTT是三相重复中占绝对优势的重复基元. 在褐飞虱EST-SSRs中未查找到GC重复基元. 以 100 bp为参照,在3种查找标准下含有SSR的EST序列中两端侧翼序列均≥100 bp的序列分别为738, 89和42个. 通过分析褐飞虱EST-SSRs标记可以为褐飞虱和近缘种的SSR标记的开发提供信息,同时通过分析褐飞虱EST-SSRs的分布频率和分布特征可以为昆虫EST-SSRs的研究提供借鉴和参考
学科主题	昆虫学
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.nais.net.cn/handle/2HMLN22E/135881]
专题	植物保护研究所_农业昆虫研究室
作者单位	中国农业科学院植物保护研究所, 植物病虫害生物学国家重点实验室, 北京, 100193
推荐引用方式 GB/T 7714	刘玉娣,侯茂林. 褐飞虱EST资源的微卫星信息分析[J]. 昆虫学报,2010,53(3):239-247.
APA	刘玉娣,&侯茂林.(2010).褐飞虱EST资源的微卫星信息分析.昆虫学报,53(3),239-247.
MLA	刘玉娣,et al."褐飞虱EST资源的微卫星信息分析".昆虫学报 53.3(2010):239-247.