哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析

doi:10.16409/j.cnki.2095-039x.2016.02.011

	哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析
	孙青; 蒋细良; 庞莉; 王丽荣; 李梅
刊名	中国生物防治学报
	2016
卷号	32 期号:2 页码:205-214
关键词	哈茨木霉基因组基因注释代谢通路重寄生相关基因
ISSN号	2095-039X
DOI	10.16409/j.cnki.2095-039x.2016.02.011
其他题名	The Genome Sequence of Trichoderma harzianum Th-33
英文摘要	利用Hiseq2500高通量测序平台对哈茨木霉Th-33全基因组进行序列测定,获得196个scaffolds,共预测了10849个基因,平均长度为1776 bp(GenBank登录号:PRJNA272949)。以GO(gene ontology)数据库对预测出的基因做基因注释,共注释基因6238个;以KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway database)数据库对预测出的基因做基因注释,有6789个基因注释到279条KEGG代谢途径。KEGG富集分析显示,对氨基苯甲酸甲酯降解代谢通路涉及基因最多,有232个基因;其次是双酚降解代谢通路,有206个基因。利用Rfam数据库对基因组序列进行RNA分类预测,共分为25个类别,包含7123个基因,其中涉及基因最多的为转录后修饰、蛋白质翻转和分子伴侣一类。比较了哈茨木霉、深绿木霉、绿木霉以及里氏木霉基因组中重寄生相关的碳水化合物活性酶、蛋白酶及次生代谢相关基因。研究结果有助于深入了解木霉菌的生防机制、推动木霉菌功能基因的挖掘和利用。
学科主题	植物保护
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.nais.net.cn/handle/2HMLN22E/135770]
专题	植物保护研究所_生物农药研究室
作者单位	中国农业科学院植物保护研究所, 农业部作物有害生物综合治理重点实验室, 北京, 100081
推荐引用方式 GB/T 7714	孙青,蒋细良,庞莉,等. 哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析[J]. 中国生物防治学报,2016,32(2):205-214.
APA	孙青,蒋细良,庞莉,王丽荣,&李梅.(2016).哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析.中国生物防治学报,32(2),205-214.
MLA	孙青,et al."哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析".中国生物防治学报 32.2(2016):205-214.