几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂

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	几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂
	聂晶 ; 董喜成 ; 潘家祜
刊名	化学学报
	2003
卷号	61 期号:7 页码:1129-1135
ISSN号	0567-7351
其他题名	Comparison of modified CoMFA in study of PAF antagonist
通讯作者	董喜成
中文摘要	由于传统的比较分子场分析(CoMFA)方法本身存在一些缺陷，使得分子的叠合规则以及叠合分子的空间取向和空间位置等因素对q~2的影响很大，因此相继提出了几种改进的CoMFA方法．为了优化CoMFA结果，应用传统的CoMFA方法和交叉验证的R~2引导的区域选择法(q~2。GRS)、全取向搜索法(AOS)、全空间搜索法(APS)以及比较分子相似性指数 (CoMSIA)等四种改进的coMFA方法，对18个pinusolide类衍生物这类新发现的血小板活化因子(PAF)桔抗剂进行了比较研究．结果表明四种改进的CoMFA方法得到的q~2值均比传统CoMFA 的高．Q~2—GRS方法得到的q~2值有所提高，但综合结果并不理想，AOS与APS得到的q~2较为理想，而在CoMSIA中，q~2几乎不受空间取向或空间位置的影响．同时我们引入基于样本的偏最小二乘法(SAMPLS)取代原AOS／APS程序中的传统PLS进行统计分析，明显提高了其运行速度．最后，根据q~2最高的CoMFA模型和CoMSIA模型设计了几个预测活性更高的pinusolide类似物．
英文摘要	Traditional comparative molecular field analysis ( CoMFA) has some critical pmblems . It is found that, exccept for alignment rule, the change in overall orientation or placement of the same set of aligned molecules can cause great variation in q~2 Several protocols have been developed to optimize q~2 and improve the predictability of CoMFA . In the present study we used conventional CoMFA and intmduced four routines of modified CoMFA, cross- validated R~2-guided regional selection (q~2-GRS) , all-orientation search ( AOS) , all-placement search ( APS) and compalative nmlecular similarity indices arlalysis (CoMSIA), to investigate a set of 18 pinusolide and its derivatives as a kind of newly discovered platelet activating factor (PAF) antagonist . The results reveal that the q~2 values obtained by the four modified CoMFA are all better than that of conventional CoMFA . AOS/APS ones lead to the highest q~2 of O. 813 and O .615 for dataset l and 2 , respectively . CoMSIA is hardly sensitive to the overall rientation or placement as expected . We significantly improved the calculating speed of AOS/APS by using samlple-distance partial least square (SAMPLS) instead of originally used conventional PLS and suggested that the improved AOS/APS and CoMSIA conld be routinely used in the fulure CoMFA studies to guarantee the reproducibility of Ihe reponed q~2 values
学科主题	生命有机化学
收录类别	SCI
语种	中文
公开日期	2013-08-14
内容类型	期刊论文
源URL	[http://202.127.28.38/handle/331003/27563]
专题	上海有机化学研究所_上海有机化学研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	聂晶,董喜成,潘家祜. 几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂[J]. 化学学报,2003,61(7):1129-1135.
APA	聂晶,董喜成,&潘家祜.(2003).几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂.化学学报,61(7),1129-1135.
MLA	聂晶,et al."几种改进的CoMFA方法比较研究血小板活化因子拮抗剂".化学学报 61.7(2003):1129-1135.