常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰

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	常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰
	张丽娜 1; 荣昌鹤 2; 何远 1; 关琼 4; 何彬 4; 朱兴文 1; 刘佳妮 4; 陈红菊[*]3,4
刊名	动物学研究
	2013
卷号	34 期号:6 页码:640−650
关键词	系统发育树距离矩阵法最大简约法最大似然法贝叶斯算法系统发育分析软件
其他题名	A bird’s eye view of the algorithms and software packages for reconstructing phylogenetic trees
通讯作者	chenhongju_teacher@hotmail.com
合作状况	其它
中文摘要	系统发育树又称进化树、生命树等，在达尔文的“进化论”一书中首次出现，之后系统发育树的重构被广大生物学家所接受。该文阐述了构建系统发育树的基本流程，对目前用于构建系统发育树的四类算法（距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法）进行了详细地分析和比较，并介绍了一些常用系统发育树构建和分析软件（PHYLIP、MEGA、MrBayes）的特点。
英文摘要	The prototype phylogenetic tree, i.e., evolutionary “tree” or “tree of life”, was first conceived by Charles Darwin in his seminal book “The Origin of Species”, and its reconstructions have been approached by generations of biologists ever since. In this article, we briefly reviewed the major algorithms and software packages for reconstructing phylogenetic trees. Specifically we discuss four categories of phylogeny algorithms including distance-matrix, maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian framework, as well as software packages (PHYLIP, MEGA, MrBayes) based on them.
收录类别	其他
资助信息	遗传资源与进化国家重点实验室“开放课题”(项目名称:利用生存分析改进系统发育树和溯祖树构建的准确性和可靠性,项目编号:GREKF11-11).
语种	中文
公开日期	2014-03-14
内容类型	期刊论文
源URL	[http://159.226.149.42:8088/handle/152453/7819]
专题	昆明动物研究所_计算生物与生物信息学昆明动物研究所_遗传资源与进化国家重点实验室
作者单位	1.大理学院数学与计算机学院;云南大理671003 2.云南林业职业技术学院, 云南昆明650224 3.红河学院, 云南蒙自661100 4.中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室, 计算生物学与医学生态学研究组, 云南昆明 650223
推荐引用方式 GB/T 7714	张丽娜,荣昌鹤,何远,等. 常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰[J]. 动物学研究,2013,34(6):640−650.
APA	张丽娜.,荣昌鹤.,何远.,关琼.,何彬.,...&陈红菊[*].(2013).常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰.动物学研究,34(6),640−650.
MLA	张丽娜,et al."常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰".动物学研究 34.6(2013):640−650.