基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较

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	基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较
	杨晨雪 1; 季吟秋 1; 王晓阳 1; 杨春燕 1; Yu DW[*]1,2
刊名	中国科学: 生命科学
	2012
卷号	42 期号:12 页码:993-1001
关键词	罗氏454 测序系统 DNA 条形码高通量测序土壤动物 metabarcoding 18S rDNA
通讯作者	dougwyu@gmail.com
合作状况	其它
中文摘要	生态和环境管理方面的很多基本问题都需要涉及土壤及腐殖质小型动物多样性的特征描述.当前利用高通量测序技术获得条形码基因扩增子序列的方法(’metabarcoding’)在生物多样性调查方面提供了高效有力的方法.然而,这一技术的广泛应用面临很大阻碍,即需要从大量原始序列数据中通过生物信息学方法处理获得很多候选基因.于是,我们比较了3个针对从固体基质中获得的18S rDNA metabarcode数据的信息学处理方法:(ⅰ)USEARCH/CROP,(ⅱ)Denoiser/UCLUST以及(ⅲ)OCTUPUS.令人满意的是,这3个信息学处理方法得到了相似且与环境样本中已知特征分类单元高度相关的群落组成.然而,OCTUPUS由于过高的序列噪音出现了过度估计系统发育多样性的问题.因此,推荐USEARCH/CROP或Denoiser/UCLUST方法,二者均可在QIIME环境下运行.
收录类别	其他
资助信息	云南省高端科技人才引进计划(批准号:20080A001);国家自然科学基金面上项目(批准号:31170498);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(批准号:KSCX2-YX-Z-1027)资助.
语种	中文
公开日期	2013-03-01
内容类型	期刊论文
源URL	[http://159.226.149.42:8088/handle/152453/7216]
专题	昆明动物研究所_动物生态学研究中心昆明动物研究所_遗传资源与进化国家重点实验室
作者单位	1.中国科学院昆明动物研究所, 遗传资源与进化国家重点实验室, 生态学与环境保护中心, 云南 650223 2.School of Biological Sciences, University of East Anglia, Norwich Research Park, Norwich, Norfolk NR47TJ, UK
推荐引用方式 GB/T 7714	杨晨雪,季吟秋,王晓阳,等. 基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较[J]. 中国科学: 生命科学,2012,42(12):993-1001.
APA	杨晨雪,季吟秋,王晓阳,杨春燕,&Yu DW[*].(2012).基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较.中国科学: 生命科学,42(12),993-1001.
MLA	杨晨雪,et al."基于18S rDNA的metabarcoading 技术分析土壤小型动物多样性3 种方法的比较".中国科学: 生命科学 42.12(2012):993-1001.